「百年経ったら いい世の中に なってるどいいなあ……」
幕末・京都。会津を脱藩した浪人山川桜七郎（上川周作）は、賭場の用心棒として雇われていた。賭場の胴元、侠客・水野弥三郎（福本清三）に御陵衛士の篠原泰之進（渡辺謙作）、藤堂平助（村井崇記）が資金繰りの相談をしている時、九州の菓子屋の息子・松之助（池内祥人）が賭け金の持ち逃げで引っ立てられてくる。同郷と知った篠原が松之助を救い藤堂らと出ていこうとした時、陰間乞食・惣吉（松本薫）が襲い掛かり、咄嗟に篠原は惣吉の脇腹を斬るが、同時に用心棒の桜七郎が藤堂の前に立ちはだかった。藤堂は刀を交える中で桜七郎に対し侍としての共感を抱き、御陵衛士への合流を誘う。しかし桜七郎は無言で去る。
片や松之助は屯所の下男として御陵衛士盟主・伊東甲子太郎（高岡蒼佑）始め仲間たちから快く迎え入れられる。そんな様子を、斎藤一（塩顕治）がじっと見つめていた。
新撰組局長・近藤勇（山本浩司）と副長・土方歳三（大西信満）は、新撰組を脱退せんとする伊東、藤堂、斎藤らに対し、新撰組が武士として出世を認められたことを伝えるが、伊東は立場の違いを鮮明にし、両者の遺恨が深まっていく。そんな中、新撰組の大石鍬次郎（佐々木詩音）は近藤の命により、組を抜け討幕派に傾いた武田観柳斎（渋川清彦）を斬殺しようとする…が、その場に現れ武田を手にかけたのは御陵衛士であるはずの斎藤だった。
一方、賭場を追われ食いつめた桜七郎は金の無心で訪れた会津藩邸で御陵衛士の不義理な行いを知り、伊東のもとに乗り込む…。
伊東の恋人、島原輪違屋の花香太夫（土居志央梨）、惣吉を救う病持ちの夜鷹・お鈴（辻凪子）、侍に阿片を売り「男など皆死んでしまえ」と嘯くお染（和田光沙）らを巻き込みながら新撰組と御陵衛士の対立は激化し、やがて油小路の変という惨劇へと繋がっていく―